Das Kreisarchiv wurde erst 1980 gegründet und war angebunden an das Institut für Weiterbildung, eine Einrichtung des Deutschen Grenzvereins mit Sitz in Flensburg.

Die historische Überlieferung der Altkreise Flensburg-Land und Schleswig bis 1945 befinden sich im Schleswig-Holsteinischen Landesarchiv. Dort wird ebenso das Schriftgut der alten Ämter Flensburg und Gottorf sowie das der 1888 aufgelösten Hardesvogteien aufbewahrt.
Der erste hauptamtliche Leiter des Kreisarchivs schuf die Grundlagen für eine organisierte Archivarbeit, indem er ein Ordnungssystem für das Archivgut entwickelte und den Aufbau einer Zeitungs- und Zeitschriftensammlung sowie einer Dienstbibliothek begann. Nach nur 10 Monaten gab er seine Arbeit allerdings wieder auf und das Kreisarchiv wurde für eine Übergangszeit ehrenamtlich betreut. Erst 1990 wurde die Stelle des Archivleiters wieder hauptamtlich besetzt. 1988 ist das Kreisarchiv in die neue Kulturstiftung des Kreises integriert worden, der lange geplante Umzug von Flensburg nach Schleswig er-folgte 1993. Der Aktenumfang beträgt etwa 450 Regalmeter. Zudem verfügt das Kreisarchiv über ein ansehnliches Fotoarchiv mit ca. 9000 Fotografien, unter anderem der Sammlung Langholz mit ca. 2800 Dias über den Kreis Flensburg zwischen 1950 und 1968, dem „Remmer-Archiv“ mit ca. 2000 Fotos inkl. Glasplatten über die Landschaft Angeln (ca. 1890-1970) sowie ca. 1000 Glasdias der ehemaligen Kreisbildstelle Flensburg-Land (ca. 1930-1940).

Ergänzend befinden sich Akten von Vereinen, Verbänden und Privatpersonen im Gemeinschaftsarchiv. Die Dienst- bzw. Handbibliothek ist im Benutzersaal untergebracht und enthält umfangreiches Material zur Kreis-, Stadt- und Landesgeschichte, das durch Neuerwerbungen beständig erweitert wird. Auch relevante Zeitungen und Zeitschriften werden über Abonnements bezogen.